A cidade de Nova York está tomada pelas trevas desde que Destruidor e o Clã do Pé assumiram o controle de tudo, da polícia aos políticos. O futuro é sombrio até que quatro irmãos surgem do esgoto e descobrem seu destino como as Tartarugas Ninja. Michelangelo, Donatello, Raphael e Leonardo precisam trabalhar ao lado da destemida repórter April O'Neil para salvar a cidade e revelar o plano maquiavélico do Destruidor.